Apie pirmuosius encefalito protrūkio atvejus pranešama Niujorke 1999 m. Rugpjūčio 23 d. Septyni žmonės miršta nuo to, kas, pasirodo, yra pirmieji Vakarų Nilo viruso atvejai JAV.

1999 m. Rugpjūčio mėn. Queens miestelyje Niujorke buvo diagnozuota aštuonių Sent Luiso encefalito atvejų grupė. Staigūs kritinio smegenų patinimo atvejai buvo nustatyti tik pagyvenusiems žmonėms. Maždaug tuo pačiu metu visame mieste žmonės pastebėjo nepaprastai daug negyvų varnų. Kiti paukščiai, įskaitant egzotines veisles, laikomus Bronkso zoologijos sode, taip pat buvo rasti negyvi.

Buvo iškviestas Ligų kontrolės centras (CDC). Jie nustatė, kad Vakarų Nilo virusas, anksčiau aptiktas tik Ugandoje ir Viduriniuose Rytuose, buvo užkrėstas paukščių visame rajone, įskaitant plėšikus, antis ir erelius. Be paukščių ir žmonių, arkliai taip pat buvo jautrūs virusui, kurį platina uodai.

Po tolesnio tyrimo aukos manė, kad Sent Luiso encefalitas iš tikrųjų buvo užkrėstas Vakarų Nilu. Tai sukelia į gripą panašius simptomus ir gali būti mirtina tiek vyresnio amžiaus, tiek mažiems vaikams. Iki vasaros pabaigos Niujorke buvo patvirtinti 56 Vakarų Nilo atvejai, nors CDC apskaičiavo, kad 80 proc. Vakarų Nilo užkrėstų žmonių simptomų neturi ir todėl nesikreipia į gydytoją.

Vėlesniais metais Vakarų Nilo virusas stabiliai plito į vakarus per JAV.